De ir. Abe Bonnema Stichting, die zijn nalatenschap beheert, heeft onder meer tot doel om de kwaliteit van de architectuur in Nederland te bevorderen. Abe Bonnema leeft voort in de jaarlijkse, naar hem genoemde architectuurprijs.
Abe Bonnema heeft een grote, bijzondere en waardevolle erfenis nagelaten. Zonder Bonnema had Leeuwarden er heel anders uitgezien. Elke Leeuwarder kent het Girokantoor aan de Tesselschadestraat en de Avéro- en Achmea-torens aan de Lange Marktstraat. Maar naar ontwerp van Bonnema zijn in Leeuwarden ook vele duizenden woningen gebouwd en talloze gebouwen voor zorg, onderwijs, bedrijfspanden, winkels en kantoren.
Bekende werken buiten Friesland zijn het kantorencomplex van Nationale Nederlanden in Rotterdam en het hoofdkantoor van de Belastingdienst in Amsterdam-Sloterdijk. Bonnema ontving verschillende architectuurprijzen en zijn ontwerpen werden onder meer tentoongesteld in het Museum of Modern Art in New York. Abe Bonnema leeft voort in de jaarlijkse naar hem genoemde architectuurprijs.